А что насчет ошибок при переходе по фильтру manufacturer (производитель), есть совет? Я конечно понимаю что не в тему, но все же.

Вам надо смотреть в другом файле. Если не ошибаюсь /catalog/layer/filter.phtml. За счет чего выдается ошибка сложно сказать. На всякий случай проверьте кеш и индексы.

С выводом на главную придется повозиться. Т.к. это все таки фильтр, он будет сортировать имеющиеся результаты выборки. Посмотрите в готовых расширениях для magento. Я вроде встречал что то похожее.

>Решил это дело просто. Запомнил ID категории перед построением дерева и
>установил его текущим после.

В самом начала непосредственно получаем текущую категорию, что бы не сбивать выбранные.

/* Get the current category the user is in */
$_current_category=$this->getCurrentCategory();

Кусок кода возвращающий выбранную категорию находится в блоке foreach + if.
$layer->setCurrentCategory($_current_category);

Скажите, у вас выполнение заходит в if:

< ?php if($_categories->count()): ?>

И попробуйте кусок кода переместить чуть ниже.

< ?php $layer->setCurrentCategory($_current_category); ?>

< ? endif; ?>

< ?php endif; ?>

< ?php endforeach; ?>

перемещаем в:

< ?php

$layer->setCurrentCategory($_current_category); ?>
< ?php endif; ?>

< ?php endforeach; ?>